Ma ti capita solo in modalità grafica o anche in modalità testo?
Io aveo lo stesso problema per la modalità testo in console e ho risolto
attivando la gestione del framebuffer nel kernel per sfruttare a pieno le
capacità della scheda video e dello schermo.
Per quanto riguarda Xorg, bisoga vedere se le frequenze specificate nel file
di configurazione sono perfettamente compatibili con il tuo hardware.
Puoi provare a fare un tuning spostando un po le frequenze di refresh dello
schermo per vedere se ottieni risultati migliori.