Ciao,
temo che non ti resta che provare a creare un ModeLine all'interno del file xorg.conf, sempre che sia gestito dal driver della scheda video.
Ai tempi dell' XFree86 la scheda video andava settata con l'esatto timing cercando di non far sfarfallare il monitor.
Con gli ultimi driver, introdotti in xorg, spesso l'impostazione manuale viene ignorata (è il caso del driver Vesa).
Impostare la modeline non è proprio semplice, perche' va rivista (a magari creata) l'intera configurazione del file xorg.conf consultando anche la man page xorg.conf (man xorg.conf)
Quasi sicuramente dovrai creare le sezioni mancanti Monitor e Device.
Per il calcolo della ModeLine puoi cercare documentazione in rete e usare il calcolatore disponibile in:
Cosa intendi per l'assenza dei suoni di sistema: Nessuna riproduzione sonora (es: play mp3 o con VLC) o ti mancano i suoni associati agli eventi (es: apertura/chiusura di finestre)?